Esta é a última fase de formação dos presbíteros diocesanos. Nela os seminaristas que já concluíram filosofia, cursam teologia ITEPA Faculdades em Passo Fundo (RS).

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A Teologia, primeiramente foi em Curitiba (PR), em dois momentos: um primeiro, em que os seminaristas provenientes de Lages (SC) e Palmas (PR) iam morar no Seminário Rainha dos Apóstolos e estudavam Teologia no Studium Teologicum; e um segundo, em que os seminaristas moravam no Seminário Paulinum e estudavam Teologia no Instituto Teológico de Curitiba (ITC). O último ano de Teologia em Curitiba (PR) foi em 1973. Em 1974, os seminaristas da Teologia moravam no Seminário de Viamão (RS) e estudavam na Pontifícia Universidade Católica (PUC-RS), em Porto Alegre (RS). Em 1977, os seminaristas foram para Florianópolis (SC), onde estudavam no Instituto Teológico de Santa Catarina (Itesc). Em 1985, a Teologia migrou para Chapecó (SC), com a criação do Centro de Estudos de Teologia e Pastoral (Cetep). Em 1996, o Cetep fechou suas portas e, nesse mesmo ano, iniciou-se a Teologia no então Instituto de Teologia e Pastoral (Itepa), hoje Itepa Faculdades, em Passo Fundo (RS). A partir de 2002, a casa onde residem os estudantes de Teologia foi chamada de Seminário de Teologia Dom José Gomes